三阳三阴的气化理论，可以说是《伤寒论》的灵魂，如果离开了它，就会变成一部僵硬的教条。因此，我们必须十分重视它，绝不可离开气化理论来谈三阳三阴，而把它看作只是疾病或证候的分类、部位或阶段的划分，尽管它确实具有这样的含义，但这只有落实在经络脏腑尤其是气化的基础上才有意义。例如：
从疾病分类来看：伤寒疾病多种多样，仲景以三阳三阴概括之，称之为太阳病、阳明病、少阳病、太阴病、少阴病、厥阴病。这虽然可以说是一种疾病分类法，但他之所以要这样分类的理论基础，就是建立在经络脏腑及其气化上的。例如，他为什么说“太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒”（1）？就是因为“头项强痛”是太阳“经”之为病，而其“恶寒”“脉浮”则是太阳“气”之为病的缘故。如果没有这样的理论基础，就不可能产生这样的条文。又如果不这样去理解太阳病，那么，这个太阳病也就徒有其名而无理论意义了。
从证候分类来看：伤寒疾病的证候纷繁复杂，仲景以表里寒热虚实概括之。例如“脉浮者，病在表”（51）；“脉沉而喘满，沉为在里”（223）；“发汗后，恶寒者，虚故也；不恶寒，但热者，实也”（70）；“热结在里……大渴，舌上干燥而烦”（173）；“自利不渴者……以其脏有寒故也”（277），等等。但这种证侯分类的理论基础，也是建立在三阳三阴的经络脏腑及其气化上的。试以太阳病表寒虚实证治为例来说明。
“太阳之为病，脉浮，头项强痛而恶寒。”（1）
“太阳病，发热，汗出，恶风，脉缓者，名为中风。”（2）
“太阳病，或已发热，或未发热，必恶寒，体痛，呕逆，脉阴阳俱紧者，名为伤寒。”（3）
“太阳中风，阳浮而阴弱，阳浮者热自发，阴弱者汗自出，啬啬恶寒，淅淅恶风，翕翕发热，鼻鸣干呕者，桂枝汤主之。”（12）
“太阳病，头痛发热，身疼腰痛，骨节疼痛，恶风，无汗而喘者，麻黄汤主之。”（35）
为什么太阳病会出现这些表寒虚实证候？就是因为：①太阳经脉从头下项夹脊抵腰，由于风寒邪气收引，太阳经气不通，而现头项强痛、腰痛（并由局部影响整体而现身体骨节疼痛）等症。②太阳主皮肤（膀胱外应毫毛），统荣卫（《素问·热论》：“巨阳者，诸阳之属也。”王冰注：“巨，太也。太阳之气，经络气血荣卫于身，故诸阳气皆所宗属。”），由于风寒邪气犯表，荣卫失调（或为卫阳被遏，荣阴受阻；或为卫阳不固，荣阴失守），而现恶风寒、发热、无汗，或汗出、脉浮或紧或缓弱等症。③肺合皮毛，主气属卫，由于风寒邪犯太阳，荣卫失调，导致肺气失宣，而现鼻鸣无汗而喘等症。④胃为卫之本，由于风寒犯表，卫气不和，以致胃气不和，而现呕逆等症。如果离开这些气化理论，而笼统抽象地称之为太阳病“症候群”或“证候类型”，或者满足于但凭麻黄汤证和桂枝汤证的适应证就可以在临床上治好病，或者浮泛在表寒虚实的辨证总纲上而不求甚解，那也就徒有其名而无理论意义了。
从病变部位来看：伤寒病变部位很多，仲景以三阳三阴的表、半表半里、里概括之。如太阳为表，少阳为半表半里，阳明、太阴、少阴、厥阴为里（这种表里是相对的，而非绝对的。如太阳为表，表之中又有里；少阳为半表半里，半表半里之中又有偏表、偏里；阳明、太阴、少阴、厥阴为里，里之中又有表）等。这种病变部位的划分，只有从三阳三阴的经络脏腑尤其是气化来理解才有意义。必须指出，表里不仅含有病位的意义，而且含有病机的意义。例如：
太阳主表，不仅要从太阳经脉从头下项夹脊抵腰至足来看，更要从太阳主皮肤、统卫气来看。太阳为什么会主皮肤而统卫气？是因太阳膀胱外应毫毛，而卫气是维护体表、防御外邪的，《素问·热论》所谓太阳“为诸阳主气”，主要就是指统摄卫外的阳气而言，所以《伤寒论》指出太阳病为“卫气不和”。正由于太阳主皮肤而统卫气，故伤寒邪从毛窍而入太阳，不仅出现太阳经气不通的头项背腰强痛等局部证候，更重要的是出现卫气失常的恶寒发热无汗或汗出脉浮等全身证候，因为后者更是太阳病在表的主要临床表现。即：风寒邪气犯表，卫阳郁而不伸，则恶寒；卫阳为邪气所郁遏而奋起向外抗拒邪气，则发热、脉浮；如其卫气实而被遏，荣阴为之阻滞，则为无汗、脉浮紧，而宜用麻黄汤泄卫畅荣以发散风寒；如其卫气虚而不固，荣阴因而失守，则必汗出、脉浮缓弱，而宜用桂枝汤扶卫敛荣以发散风寒。这就是太阳主表的基本含义。
少阳主半表半里，主要应从少阳主腠理而司表里开合之枢来理解。少阳为什么会主腠理而司表里开合之枢？《黄帝内经》指出“三焦、膀胱者，腠理、毫毛其应”，这就是说，太阳膀胱外应毫毛，而少阳三焦则外应腠理。又说，太阳为开，阳明为合，少阳为枢，这也可以说是太阳为开主表，阳明为合主里，少阳为枢主半表半里。因此，《伤寒杂病论》也就明确地指出：“腠者，是三焦通会元真之处，为血气所注”（《金匮要略》）；“血弱气尽，腠理开，邪气因入，与正气相搏，结于胁下，正邪分争，往来寒热，休作有时……小柴胡汤主之”（《伤寒论》）。正由于少阳主腠理而司表里开合之枢，位于半表半里，故邪入少阳腠理，正邪分争其处，时而出阳，时而入阴，因而出现往来寒热、胸胁满痛等少阳经腑之气不舒之症，宜用小柴胡汤以和解之。这就是少阳主半表半里的基本含义。
阳明主里，主要应从阳明主肌肉而属胃之燥土和大肠之燥金来理解。伤寒病入阳明，由于燥热亢盛于胃肠，熏蒸于肌肉，故现但热不寒、汗出恶热、大渴引饮、腹胀满痛不大便等症，而宜清以白虎汤或下以承气汤。这就是阳明主里的基本含义。
即此可见，伤寒疾病的表里（半表半里）虽然是指病位而言，但其中又包含着病机的意义在内。而且就其病在太阳表的恶寒发热和病在少阳半表半里的往来寒热以及病在阳明里的但热不寒等全身证候来说，只有用经络脏腑的气化理论才能说明。
从病程阶段来看：在伤寒疾病发生和发展过程中，确实是有其阶段性的。如《素问·热论》所谓一日太阳、二日阳明、三日少阳、四日太阴、五日少阴、六日厥阴等，即其例证。但从《伤寒论》所谓“伤寒一日，太阳受之”和“伤寒二三日，阳明少阳证不见者，为不传也”以及“伤寒三日，三阳为尽，三阴当受邪，其人反能食而不呕，此为三阴不受邪也”来看，可见《伤寒论》在病程阶段上是发展了上述《素问·热论》之说的。即伤寒病程虽有其阶段性，但又不可拘执，必须依据临床现证而定。这里仅就伤寒疾病发生和发展的一般规律的病程阶段来谈谈三阳三阴经络脏腑的气化理论：
一般来说，伤寒疾病的发生和发展是从表入里、由阳入阴的。即先从太阳开始，然后由太阳传入阳明或少阳以至太阴、少阴、厥阴。伤寒疾病发生的最初阶段之所以多从太阳表寒证开始，是因太阳主皮肤而统卫气，为诸经之藩篱。伤寒邪从皮毛而入，首当其冲的就是太阳之表的缘故。所以有“伤寒一日，太阳受之”之说。至其发展之所以或传阳明而现里热证，或传少阳而现半表半里寒热错杂证，或传三阴而现里寒证，则是根据病人的内外因来决定的，并不一定按照上述《素问·热论》的先后次序传变。但大体上前期多在三阳，后期多入三阴。这是因为，前期邪与正俱盛，正阳奋起抗邪，故三阳病多发热。初起病在太阳，由于风寒邪遏卫阳而现发热恶寒等表寒证，治宜麻黄汤等以汗之。如其表病而里和的，则可一汗而解；如其表病而里不和的，则必因新邪在表，引动里之伏邪，而传经入里。从伤寒热病来说，前期多传阳明或少阳，即：阳明阳盛伏热的，则传阳明而现但热不寒等里热证，治宜白虎汤或承气汤以清下之；少阳阳盛伏热的，则传少阳而现半表半里寒热错杂证，治宜小柴胡汤以和解之。由于病在三阳，正气抗邪有力，多现实证，故其治法以汗、清、下、和祛邪为主。若三阳病失治或误治，邪气不解，正气受伤，则必由阳入阴，而多现三阴里寒虚证。至其由阳入阴之所以多先出现太阴病里寒虚证者，从“伤寒三日，三阳为尽，三阴当受邪，其人反能食而不呕，此为三阴不受邪也”（270）和“太阴为病，脉弱……以其人胃气弱易动故也”（280）来看，可见伤寒疾病是否由阳入阴的关键在于胃气的强弱。柯琴所谓“胃为三阴之外蔽”，即是说，胃气强而能屏障三阴的，则三阴不受邪（上文所谓“其人反能食而不呕，此为三阴不受邪也”，即胃气强之意）；胃气弱而不能屏障三阴的，则三阴必受邪。由于胃与脾相为表里，所以在其由阳入阴时多先传至太阴，而现但寒不热的吐利不渴、食不下、腹满时痛等里寒虚证，治宜理中汤以温之；若太阴病不解而向前发展，则因脾胃土虚导致心肾火衰（心火生胃土，命火生脾土，具有母子关系，土虚则子盗母气而致火衰），而现但寒不热的脉微细、蜷卧欲寐、小便清白等里寒虚证，治宜四逆汤以急温之；若少阴病不解而向前发展到最后阶段，则因乙癸同源（肾之癸水能生肝之乙木，具有母子关系，故可母病及子）而寒并厥阴，出现寒厥昏痉等里寒虚证，虽可用四逆汤合吴茱萸汤等救治，但多归死亡。
