无论外六淫疫疠因素或内六淫体质因素，当其潜伏在人体内而尚未达到发病程度时，就都可以称之为伏邪（或伏气）。因此，伏邪有内、外因之分，即：
外因伏邪：指外六淫疫疠因素潜伏于人体内者而言。如刘吉人《伏邪新书》说：“感六淫而即发病者，轻者谓之伤，重者谓之中。感六淫而不即发病，过后方发者，总谓之曰伏邪；已发而治不得法，病情隐伏，亦谓之曰伏邪；有初感治不得法，正气内伤，邪气内陷，暂时假愈，后仍复发者，亦谓之曰伏邪；有已发治愈，而未能尽除病根，遗邪内伏，后又复发，亦谓之曰伏邪。夫伏邪有伏燥，有伏风，有伏湿，有伏暑，有伏热。”今天看来，属于自然界气候变化的外六淫虽不可能侵入人体内成为伏邪，但属于病原生物的疫疠之邪则是可以潜伏人体内成为伏邪的。而中医所谓具有木（风）、火（热）、土（湿）、金（燥）、水（寒）特性的五疫（疠）之邪则是和外六淫密切相关的。
内因伏邪：指内六淫体质因素潜伏于人体内者而言。如陈修园说：“人之形有厚薄，气有盛衰，脏有寒热，所受之邪，每从其人之脏气而为寒化热化。今试譬之以酒……阳脏之人过饮之，不觉其寒，但觉其热，热性迅发，则吐血面疮诸热证作矣；阴脏之人过饮之，不觉其热，但觉其寒，寒性凝敛，则停饮腹胀泄泻诸寒证作矣。”吴又可更具体地说：“邪之着人，如饮酒然。凡人醉酒，脉必洪而数，气高身热，面目皆赤，乃其常也。及言其变，各有不同，有醉后妄言妄动，醒后全然不知者；有虽沉醉而神思终不乱者；有醉后应面赤而反刮白者；应痿弱而反刚强者；应壮热而反恶寒战栗者；有易醉易醒者；有难醉而难醒者；有发呼欠喷嚏者；有头眩眼花及头痛者。因其气血虚实之不同，脏腑禀赋之各异，更兼过饮少饮之别，考其情状，各不相同，至于醉酒则一也，及醒时，诸态如失。凡受疫邪……因其气血虚实之不同，脏腑禀赋之有异，更兼感重感轻之别，考其证候各有不同，至论受邪则一也，及邪尽，诸证如失。”由此可见，人体之所以受邪相同而现证不同，就是因为人体潜伏有内六淫体质因素的缘故，而这也就足以表明内六淫体质因素在外六淫疫疠因素所致的外感病中是占有重要地位的。
前人较多地在温病中谈伏邪，而在伤寒中谈伏邪的较少。其实伏邪是客观存在而不容否认的。它不仅存在于温病中，也存在于伤寒中。故王叔和在《伤寒例》中说到：“中而即病者，名曰伤寒；不即病者，寒毒藏于肌肤，至春变为温病，至夏变为暑病。”“伏寒变为温病。”并在《平脉法》中更明确地指出：“伏气之病，以意候之，今月之内，欲有伏气，假令旧有伏气，当须脉之，若脉微弱者，当喉中痛似伤，非喉痹也，病人云，实咽中痛，虽尔，今复欲下利。”因此，我们决不可由于前人谈外因伏邪的多，谈内因伏邪的少，谈温病伏邪的多，谈伤寒伏邪的少，而有所偏废。
